后金时代
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沈阳故宫中的东路建筑，中为大政殿，两侧的十王亭是清初左右翼王和八旗办公的地方
清朝政府最初的行政架构始设于后金皇太极时期，天聪五年（1631年），设六部（吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部）。天聪十年（1636年）设立都察院。崇德二年（1637年）设立議政王大臣會議，这是后金时期和清初重要的决策机构。
入关至清中期
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順治元年（1644年）清军入关后，国都由盛京城迁至北京城，并增设多个中央行政机构。顺治十五年（1658年）又仿照明朝内阁制度设立内阁[註 1]，由大学士、协办大学士、学士、侍读学士等组成，负责起草、传达诏令，进呈题疏，代批拟旨等。清朝的内阁名义上居中央辅政机构之首，但没有明朝中后期内阁那样的实权，内阁的最高长官大学士，虽然品极位崇，实际上只是皇帝的私人文書官，負責替皇帝批閱公文、起草御旨。康熙十六年（1677年），在内阁外另设立南书房，使之成为决策中心。雍正十年（1732年），正式定名的办理军机事务处（简称军机处）成为清中后期为皇帝服务的国家决策中心。至此，议政王大臣会议名存实亡，至乾隆晚年始废除。
晚清时期
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晚清时期，国内外环境剧变。咸豐十一年（1861年），恭親王奕訢設立總理各國事務衙門，以處理與西方列強的交涉問題。清文宗駕崩後，穆宗繼位，東太后鈕祜祿氏（慈安太后）與西太后葉赫那拉氏（慈禧太后）共同聽政，支撐滿清政權。慈安太后死後，慈禧太后獨掌大權，成為晚清的實際統治者。光緒二十六年（1900年）庚子事变后，清朝政府开始推行新政。光緒三十二年（1906年）9月，政府下诏订定新中央官制，改六部为十一部。宣统三年（1911年），清朝政府為因應現代化潮流，派遣欽命大臣出國考察憲政，頒布《欽定憲法大綱》，並成立一个以总理大臣为首的责任内阁。清遜帝溥仪在1912年2月12日下旨退位，但因中華民國臨時政府與清朝政府簽署《清室優待條件》，因此遜帝仍可在北京紫禁城中使用「皇帝」頭銜，並保有“逊清皇室小朝廷”，直至中華民國十三年（1924年）11月5日被迫出宫结束。